花の色は、白、桃、紫、青、黄など多数あり、絞りや覆輪などとの組み合わせを
含めると5,000種類あるといわれている。
系統を大別すると、品種数が豊富な江戸系、室内鑑賞向きに発展してきた伊勢系と
肥後系、原種の特徴を強く残す長井系（長井古種）の4系統に分類でき、
古典園芸植物でもある。
他にも海外、特にアメリカでも育種が進んでいる外国系がある。
近年の考察では、おそらく東北地方でノハナショウブの色変わり種が選抜され、
戦国時代か江戸時代はじめまでに栽培品種化したものとされている。
これが江戸に持ち込まれ、後の3系統につながった。
長井古種は江戸に持ち込まれる以前の原形を留めたものと考えられている。
アヤメ類の総称として、ハナショウブを「アヤメ」と呼称する習慣が多く見られる。
その一方で「ショウブ」と呼称することもあるが、菖蒲湯等に使われるショウブは、
ショウブ科（古くはサトイモ科）に分類される別種の植物である。
「いずれがアヤメかカキツバタ」という慣用句がある。
どれも素晴らしく優劣は付け難いという意味であるが、見分けがつきがたいという
意味にも用いられる。見分け方はアヤメの項の見分け方を参照のこと
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